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清洗太阳能热水器不仅是一种卫生习惯，更重要的是延长其使用寿命。如果太阳能热水器长时间不进行清洗的话，在热水器的内部就容易形成水垢，由于水垢中存在着多种的化学成分，长期水垢的积累和沉淀使得水中的有害物质不断增加，用这种水洗脸或者是洗浴就会出现皮肤过敏的问题。
除了在用户体验上，如果不及时的清洗太阳能热水器还会降低太阳能热水器的传热效率，甚至热能转换效率会失效，水垢的积累还会导致微生物和的滋生和增长，会导致皮肤病的产生。若水垢过厚则会导致真空管内的热量难以散发，甚至有爆裂危险。因此用户需要注意，养成定期太阳能热水器清洗的习惯。
磁化除垢法：磁化法水处理是使水流通过一个磁场，然后再流入管道或太阳热水器系统，经过磁力线切割后，水中的钙镁盐类不能结垢或不能结成坚硬的水垢，而是形成微小的颗粒，随水流动。磁化除垢是通过磁化方式将已有的水垢清除的过程。磁化除垢的机理有两个方面：一方面是在磁力作用下，水垢晶体发生极化，降低了水垢的稳定性，使得水垢被不断地溶解，被水流冲走。
长时间以来，我们忽略了对太阳能的清洗，由于水质要素，致使许多的水垢和水锈堆积其间。大大降低了太阳能的功率和热效率，浪费能量达1/3以上，由于长时间积存水垢，不只浪费动力，而且还构成不风险，水垢致使受热不均构成炸管，堵塞管道，水循环减速，水温降低。具科学研究证明，水垢主要成分为钙，镁化合物，其他还富含多种有害的汞，镉，铅，砷等有害人体的元素。